De los acuerdos de fusión surgió un ramal, abierto al servicio el 15 de junio de 1887, que integraba la línea Valls-Villanueva-Barcelona en el sistema de enlaces de la ciudad, al unir un punto de ese ex-VVB cercano al río Llobregat con la bifurcación de la Bordeta, en la línea procedente de Tarragona y Martorell que se encaminaba hacia la calle de Aragón. Reforzar el lateral izquierdo es una de las grandes prioridades del Real Madrid en este mercado de fichajes que está a punto de abrir, toda vez que la salida de Marcelo tras finalizar su contrato ha dejado una vacante en la banda del Santiago Bernabéu, trabajando la dirección deportiva del conjunto blanco en una lista de candidatos que puedan acompañar la próxima temporada al francés Ferland Mendy. Puso la falta lateral Kroos y remata el alemán de cabeza. El lateral Nuno Tavares, cedido en la pasada temporada por el Arsenal al Olympique Marsella, sería la alternativa estudiada por el Aston Villa si finalmente no puede cerrar la llegada de Marcos Acuña, del Sevilla, como apunta Sky Sports. Esta situación despierta el interés en la compañía sucesora del Madrid-Alicante por la compra de participaciones de la compañía, logrando controlar un porcentaje de MTM con el objetivo de asegurarse buenos precios a la hora de hacer otros pedidos.
La línea Ciudad Real a Badajoz ya se había inaugurado el 22 de noviembre de 1866, perteneciente a la Compañía de Caminos de Hierro de Ciudad Real a Badajoz. La estación de Delicias, que era la estación de la Compañía de Ciudad Real-Badajoz en la capital, no pasó a MZA, pues esta ya poseía la estación de Atocha (mucho más amplia) y negoció con la recién creada Compañía de los Ferrocarriles de Madrid a Cáceres y Portugal la venta de Delicias, que finalmente la adquirió. En la tercera competición, la Supercopa, es el segundo club más laureado, acumulando un total de doce títulos -y dos ediciones que debía haber disputado pero no se acordaron fechas para su disputa-. En abril de 2017, después de una pausa de casi tres años en su expansión, City Football Group anunció la adquisición del equipo de segunda división uruguaya Club Atlético Torque, que luego pasaría a llamarse Montevideo City Torque.
El 15 de noviembre de 2023, se convierte en entrenador del Getafe Club de Fútbol «B» de Segunda Federación, tras la destitución de Emilio Ferreras. Además de las anexiones y expansión de líneas férreas, la MZA llevó a cabo una política acorde con la situación del país. En el año 1891 se firmó un convenio en la capital francesa y así, el 1898 se estrenó con la expansión de la red de MZA muchas decenas de kilómetros hacia el Nordeste. Así, por el Decreto de 3 de agosto de 1936 la Compañía MZA desaparecerá de la zona republicana y es integrada en la Red Nacional de Ferrocarriles (no se debe confundir con la posterior RENFE). En suma, toda esta situación no estaba sino complicando cada vez más la supervivencia de la compañía. La Compañía del Madrid-Zaragoza-Alicante no fue una excepción y (como otras compañías) debió ajustar precios con la situación real y por ello retrasó o canceló muchas reformas pendientes, así como la modernización de las instalaciones y el parque móvil. En 1885 el ingeniero de caminos Eduardo Maristany Gibert (1855-1941) (nieto de Manuel Gibert, que fue presidente de la primitiva compañía del Barcelona-Mataró) ingresó en la Compañía de los ferrocarriles de Tarragona a Barcelona y Francia (TBF).
Por aquel entonces la TBF se hallaba enfrascada en la construcción de una línea directa de Barcelona a Zaragoza, por una ruta situada mucho más al Sur que la que la Compañía del Norte explotaba vía Lérida y Manresa. Tras conseguir el dinero necesario, finalmente se hizo con el TBF y logró ganar la apuesta a Norte. A su vez, la TBF finalizaría la línea directa de Caspe. Con la MZA la construcción fue rápida y la circulación de trenes ya está lista para el 5 de septiembre de 1885. La explotación de la misma no fue muy brillante y en parte era debido a que la línea moría en Cuenca sin continuar hasta Utiel, donde ya había llegado el ferrocarril, y continuando el camino hasta Valencia en ruta directa. En 1881 ya se tenían terminadas y en explotación las dos extremidades de la línea. Las buenas relaciones de la pequeña compañía con MZA contrastaban con las pésimas relaciones que esta tenía con la Compañía del Ferrocarril Sevilla-Jerez-Cádiz. Y es que la situación bélica decide al gobierno republicano a la nacionalización de todos los ferrocarriles que se encontraban en su zona para asegurarse su control, aunque en la práctica fueran colectivizados por los comités de obreros y ferroviarios.
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